Bilindiği gibi üniversitede döner sermayeden alacaklarını alamayan personelin ardından, Rektör Çufalı'nın döner sermayeden yararlanmak için önce BEÜ Diş Hekimliği Fakültesinden, ardından Ereğli'deki üniversiteden yararlanmak istemesi nedenediyle tartışmaların yaşandığı iddia edilmişti. Soruları cevapsız bırakan ve açıklama yapmaktan kaçınan Çufalı, "Döner Sermaya genel problemimiz. Bazı üniversitelerde bir kısım ödemeler döner sermayeden yapılıyor. Bizim uygulamamız, Türkiye'de nasılsa bizde de öyle. Bize özgül bir sorun değil."